Verpak eiwitcomplexen tijdelijk in een imitatie-virusmantel en je krijgt ze intact je cellen uit en je massaspectrometer in. Vlaamse onderzoekers vroegen er octrooi op aan en in Nature Communications maakten ze zojuist wereldkundig hoe hun ‘Virotrap’ werkt.

Sven Eyckerman, Jan Tavernier en collega’s van het VIB en de Universiteit Gent lieten zich inspireren door het hiv-virus. Als dat eenmaal in een cel zit, geeft het opdracht om een manteleiwit genaamd p55 GAG aan te maken. Vier- tot vijfduizend exemplaren van dit eiwit kunnen samen tot mantel vormen van een nieuw hiv-virusdeeltje. Dat ontstaat als een soort knop op de buitenkant van de gastheercel, en splitst zich uiteindelijk af. In de tussentijd vult het zich niet alleen met het RNA van het virus, maar ook met diverse andere eiwitten van de gastheer die het nodig heeft om met succes de volgende cel te infecteren.

Het idee is nu om een celkweekje niet met het complete hiv-virus te infecteren maar alleen met DNA dat codeert voor dat manteleiwit. Die code breid je uit met die voor een ander eiwit dat dient als ‘lokaas’, en specifiek het complex bindt dat je hebben wilt. Als het goed is vormen zich dan virusdeeltjes waar het gezochte complex intact in zit.

Vervolgens vis je de virusdeeltjes uit je celkweek, waarna je met de massaspectrometer kunt bepalen welke eiwitten precies deelnemen aan de gevangen complexen.

Het grote voordeel is dat je de cellen zelf niet meer hoeft te lyseren. Bij die procedure los je als het ware de celwanden op om de eiwitten er uit te krijgen. Daarbij moet je maar afwachten of de complexen heel blijven of in afzonderlijke eiwitten uiteenvallen, en het levert sowieo een onoverzichtelijke soep op waar je de gezochte componenten lastig uit krijgt.

Er zitten wel een paar beperkingen aan: zo moeten de gezochte complexen fysiek in de virusdeeltjes (natuurlijke diameter 145 nm) passen, en moet je beschikken over een geschikt lokaas.

bron: VIB